ファイルの内容によって、プログラムの動作が左右される場合、信頼できるユーザ だけがその内容を変更できるのでなければ、そのファイルを信用してはいけません。 つまり信頼できないユーザが、ファイルやそのファイルがあるディレクトリ、その親 ディレクトリを修正できてはいけません。 そうでないなら、そのファイルを信頼するに値しないものとして扱わなければいけ ません。
ファイルに記述してあるやり方が、信頼できないユーザからのものだとするなら、 このドキュメントに書かれている内容にしたがって、そのファイルからの入力を 防いでください。 特に正しい値とマッチしているか、バッファがオーバーフローしないかを必ず チェックしてください。